A Csíki-medence alcsíki részén, a Dél-Hargita keleti előterében, az Oltba torkoló bal parti Bedecs patak és a jobb parti Rege-Bánya patakok között fekszik.

Ferenc Béla "Csíkvármegye monográfiája a legrégibb időktől napjainkig" című művéből tudjuk, hogy Szentimre határa 11000 hold területen fekszik. Szentimrét is, miként Szentkirályt, az Olt két külön falurészre osztja, a folyam jobb partján levő rész Oltelve nevet visel, amely további tízedekre oszlik: Pálszeg (nyugatra, a Bánya pataka és Vermet patak völgyében), Sándorszeg (északra), AlszegFelszeg (a Tiva patak és Büdös-árok völgyében, Szentkirály felé, Sándorszeg folytatásában). (délre) és

A helység ősi elnevezésének emlékét Bedecs tartja fenn, amely a bal parton fekszik és a templom körül szerveződik. Ide tömörül a szolgáltatások többsége.

Csíkszentimre eredetileg három falut egyesítő egyházközség neve volt. 1874-ben egyesült Bedecs, Felszeg és Pálszeg. Viszont a száljhagyomány szerint a falu hajdan az Olton túl, az erdő alatt, a Tomaj nevű dombon volt. Ez a Hargita lankáján, a Margit-kápolnán túl a község délnyugati határában található. A tízesek általában 500-1000 méterre vannak egymástól.

A faluhoz tartozó Büdösfürdőről a Benkő Károly művéből tudjuk, hogy "Szentimre nyugati határában létező Bánya hegyben a népmonda szerint vashámor volt, lehetett, mert a Vermet nevű helyén ma is vannak bőven ugyan jó vaskövek. Viszont határa nyugati osztályában a Csihaj nevű hegy aljáböl eredő Rege vagy Ravaszlik pataknál kútfőt Büdösnek nevezik, mivel itt büdösköves a hely."